Elsa Kuijper is in maart 2019 begonnen als PhD-student in het NeuroD lab na haar studie Biomedische Wetenschappen bij de Universiteit Leiden. Tijdens de onderzoeksstages in haar studie, verdiepte ze zich in immunometabolisme, autofagie en de ziekte van Huntington, met behulp van technieken variërend van moleculaire biologie tot bioinformatica. Hoewel ze het leuk vond om biologische processen te ontrafelen, trok translationeel onderzoek haar het meest: het combineren van kennis van fundamentele biologie en ziekteprocessen om klinische vraagstukken te beantwoorden.
In 2018 deed ze haar laatste masterstage in de groep van Willeke van Roon-Mom in samenwerking met de Biosemantics groep, geleid door Marco Roos. Tijdens deze stage onderzocht ze gemeenschappelijke ziekteprocessen in bloed en brein van een muismodel voor de ziekte van Huntington, om het gebruik van bloed voor de monitoring van ziekteprogressie te onderzoeken. Gefascineerd door het proces van neurodegeneratie en op haar plek in het NeuroD lab, zette ze in 2019 haar werk voort als PhD-student.
Centraal in haar PhD staan de pathogenese en therapiemogelijkheden bij de ziekte van Huntington en spinocerebellaire ataxia type 3 (SCA3). Voor deze twee polyglutamine-aandoeningen doet ze op dit moment onderzoek naar therapieën op basis van exon-skipping in cel- en diermodellen van de ziekten. Hierbij is het doel om het toxische deel van het eiwit dat de ziekte veroorzaakt te verwijderen met behulp van oligonucleotiden.